Фамилия Жаппаргалы — это не самостоятельное образование, а фонетический вариант фамилии Жаппаргали. Разница в написании вызвана особенностями устной речи: в некоторых тюркских говорах конечный «и» редуцируется или заменяется на «ы», что и закрепилось в документах. Поэтому обе формы — Жаппаргалы и Жаппаргали — по сути одно и то же, просто разное произношение.

Основа фамилии — составное мужское имя Жаппаргали. Оно состоит из двух частей. Первая часть — Жаппар — восходит к арабскому слову «джаббар» (جبار). В арабском языке у этого корня несколько значений, но в контексте личных имён чаще всего подразумевается «обладающий огромной силой», «могучий», «богатырь». В исламской традиции «аль-Джаббар» — один из эпитетов Аллаха, означающий «Всемогущий», «Подчиняющий», поэтому имя Жаппар несло сакральный оттенок.

Вторая часть — «гали» — происходит от арабского «али» (علي), что значит «высокий», «возвышенный», «великий». Это один из самых распространённых компонентов в мусульманских составных именах (сравните с именами Алихан, Алишер, Галимжан). Сложив две основы, получаем имя со значением «великий могучий» или «могучий и возвышенный».

Фамилия Жаппаргалы (и её вариант Жаппаргали) — типичный пример тюркской фамилии, образованной от полного имени отца. В казахской и других тюркских средах такие фамилии на -ы/-и (в русской записи) часто передавали принадлежность к роду или потомкам конкретного человека. По сути, носитель фамилии Жаппаргалы — это потомок человека по имени Жаппаргали. Суффикса -ов или -ин здесь нет, что указывает на более позднюю, советскую фиксацию фамилии в такой форме, когда окончание имени просто перешло в фамилию без дополнительных русских суффиксов.

Искать носителей этой фамилии стоит прежде всего среди казахов, а также у башкир и татар, где распространены составные имена с компонентом «гали». Географически фамилия встречается в Западном Казахстане и прилегающих регионах России.