Фамилия Жекунов образована от прозвища или нецерковного имени Жекун. В основе этого имени лежит глагол «жечь» или существительное «жёг» (жжёный, обожжённый). Словообразовательная модель здесь прозрачная: суффикс -ун- (как в словах «бегун», «говорун») указывает на деятеля — того, кто совершает действие. Таким образом, Жекун — это человек, который жжёт. Но что именно он жёг и почему получил такое прозвище, требует пояснения.

Самая вероятная версия — профессиональная. Жекунами в русских говорах могли называть углежогов, то есть людей, которые выжигали древесный уголь. Это было распространённое ремесло в лесных районах, особенно на Севере и в Сибири. Работа тяжёлая и грязная, но необходимая: уголь использовали в кузнечном деле, для отопления и в быту. Прозвище Жекун могло закрепиться за основателем рода именно по этому занятию.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с местным говором или диалектным словом. В некоторых областях «жекуном» называли едкого, язвительного человека, который «жжёт» словами, то есть колко шутит или обижает. Однако для такой гипотезы нет надёжных лексикографических подтверждений, поэтому профессиональное объяснение выглядит убедительнее.

Фамилия оформлена по стандартной севернорусской модели: основа Жекун + патронимический суффикс -ов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Жекунов, то есть сын или потомок Жекуна. Такая модель характерна для крестьянских и мещанских фамилий, которые складывались в XV–XVII веках на Русском Севере и в центральных губерниях.

География фамилии сосредоточена в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает связь с лесными промыслами: углежжение было типично именно для этих регионов. Встречается фамилия и в Сибири, куда её могли занести переселенцы из северных губерний в XIX веке.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Жекунов стоит в одном ряду с Жегуновым, Жегаловым, Жегалкиным — все они восходят к тому же глаголу «жечь», но через разные суффиксы. Жекунов — один из самых прямых по смыслу: он буквально называет предка по его делу.