Фамилия Жукунов — один из тех редких случаев, когда основа читается почти прозрачно, но происхождение уходит не в насекомое, а в тюркский мир. Вопреки интуитивному сближению со словом «жук», корень здесь, скорее всего, восходит к тюркскому «жукун» (или «джукун») — в ряде диалектов так называли вид дикого лука или съедобного растения. Прозвище Жукун могли дать человеку, который собирал, выращивал или торговал этой зеленью, либо тому, кто жил в местности, изобилующей таким растением.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую модель образования фамилий от прозвищ или имен на согласный. Обычно такие фамилии закрепились в XVI–XVII веках, когда крестьяне и служилые люди получали «уличные» прозвища, переходившие к детям. В случае Жукуновых это мог быть один из вариантов: либо прямое прозвище по роду занятий, либо адаптация тюркского личного имени Жукун (встречается у башкир, татар, казахов) в русской среде.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «жукун» в значении «нелюдимый, угрюмый человек» — такая семантика встречается в некоторых говорах Поволжья. Однако эта гипотеза слабее, так как не подкреплена широкой географией. Основной ареал фамилии Жукунов — Оренбургская область, Башкортостан и Татарстан, что косвенно подтверждает тюркские корни: именно в этих регионах активно смешивались русские и тюркские антропонимы.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение: в большинстве говоров оно падает на второй слог — Жуку́нов, хотя в некоторых семьях сохраняется вариант на первый слог, что может указывать на местный диалектный сдвиг. Фамилия не относится к числу распространенных, но ее носители встречаются среди потомков оренбургских казаков и крестьян-переселенцев, что делает ее ценным маркером региональной истории.