Фамилия Желнеева — женская форма фамилии Желнеев, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Желней. Основа здесь — корень «желн-», который в русских говорах имеет два основных значения, и оба ведут в мир ремёсел и быта.

Первое и самое очевидное: «желна» — это дятел (чёрный дятел, или желна). Прозвище Желна могли дать человеку с чёрными волосами, с резким стуком в работе или с упрямым, «долбящим» характером. От этой птичьей основы образованы и другие русские фамилии: Желнин, Желнов, Желнаков. Но в нашем случае суффикс -еев указывает на иную модель: не просто «сын Желны» (как было бы с -ин), а притяжательное прилагательное от имени Желней (чей? — Желнеев). То есть исходная форма — Желней, а не Желна.

Второе значение, менее известное, но более конкретное: в некоторых диалектах «желна» или «желней» — это мастер, который делает долблёную посуду (корыта, ульи, лодки-однодеревки). Долблёное ремесло было распространено в лесных районах севера и центра России. Прозвище Желней могло закрепиться за бондарем или плотником, специализировавшимся на долблёных изделиях. Эта версия кажется более правдоподобной для фамилии именно с суффиксом -еев, так как она подчёркивает не внешнее сходство с птицей, а профессиональную принадлежность предка.

Фамилия редкая, географически, скорее всего, привязана к регионам, где был развит лесной промысел: Владимирская, Костромская, Вологодская губернии. Встречается и форма Желняев — с тем же корнем, но другим суффиксальным оформлением. Сословно носители фамилии, вероятнее всего, были из крестьян или ремесленников-посадских, так как прозвища от названий птиц и ремёсел в дворянской среде почти не встречаются.