Фамилия Желнерский — один из тех случаев, где на слух кажется, что корень заимствован из польского или чешского, а на деле всё проще и прозрачнее. Основу составляет слово «желна» — так в русских говорах (особенно северных и западных) называли чёрного дятла, птицу с ярким красным хохолком. Суффикс «-ер» в этом случае не указывает на профессию, как в немецких фамилиях, а выступает в роли словообразовательного элемента, характерного для диалектных прозвищ: «желнер» — тот, кто связан с желной, возможно, охотник на этих птиц или человек, чем-то напоминающий дятла (например, стучащий, суетливый или носящий что-то красное). Фамилия образована по типичной модели притяжательных прилагательных на «-ский», что часто указывало на дворянское или шляхетское происхождение, но в данном случае могло быть просто указанием на место или прозвище рода.

Версия о польском корне «żołnierz» (солдат) — популярное заблуждение. Фонетически «желнер» не перешёл бы в «желнерский» без дополнительных изменений, а главное — в польском языке слово «żołnierz» дало бы фамилии вроде Жолнерский или Жолнер, но не с мягким «е» в корне. Поэтому связь с птицей «желна» гораздо убедительнее, тем более что в ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) разбираются аналогичные случаи, когда прозвища от названий птиц переходили в фамилии с суффиксом «-ер».

Географически фамилия Желнерский встречается в основном на западе России и в Беларуси, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение: именно в этих регионах слово «желна» было в ходу. Носители фамилии могли быть крестьянами или мелкими помещиками, но точных данных о сословной принадлежности нет. Встречается вариант написания с одной «л» — Женерский, но он редок и, скорее всего, результат описки в документах. Аналогов по словообразовательной модели немного: можно вспомнить фамилии Дроздовский (от «дрозд») или Сокольский, но с суффиксом «-ер» — это почти уникальный случай, что делает Желнерского заметным исключением среди «птичьих» фамилий.