Фамилия Женискалиев — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркское имя соединилось с русским патронимическим суффиксом. Она образована по стандартной модели «основа + -ев», характерной для фамилий, произошедших от имен или прозвищ, оканчивающихся на согласный или -й. Суффикс -ев здесь присоединился к имени Женискали, а не к фамилии Женискалиев, как может показаться на первый взгляд.

Основа фамилии — сложное казахское или тюркское мужское имя Женискали. Оно состоит из двух частей: «женис» (победа) и «кали» (от арабского «халид» — вечный, бессмертный). В буквальном переводе имя означает «победа вечного» или «вечная победа». В казахской антропонимии такие двухосновные имена с компонентом «кали» (Калибек, Калижан) были распространены среди мусульманского населения, и их часто давали мальчикам с пожеланием долгой и счастливой судьбы.

Фамилия Женискалиев — типичный пример русификации тюркских имен в XIX–XX веках, когда документы на русском языке требовали фиксации отчества и фамилии по русскому образцу. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был казахским кочевником или крестьянином, имя которого в метрической книге или ревизской сказке записали как Женискали, а его сын автоматически получил фамилию Женискалиев.

Географически фамилия привязана к Западному Казахстану, особенно к Атырауской и Мангистауской областям. Встречается она и среди казахов, живущих в России — в Астраханской и Оренбургской областях. Вариант написания с буквой «ё» (Жёнискалиев) практически не встречается: ударение в фамилии падает на третий слог — Жениска́лиев.

В отличие от фамилий на -ов, которые часто происходят от профессий или прозвищ, Женискалиев — чисто патронимическая фамилия, то есть «сын Женискали». Это роднит её с такими казахскими фамилиями, как Есимов, Ахметов или Муратов, где русский суффикс наложился на тюркское имя-основу.