Фамилия Жилянина — женская форма от Жилянин, которая восходит к прозвищу Жилян. В его основе лежит диалектный глагол «жилять», который в рязанских и калужских говорах означает «язвить, колоть, жалить». Прозвище могло указывать на колкий, язвительный характер человека — того, кто «жалит» словом. Однако, в отличие от литературного «жалить», диалектный вариант с корнем «жил-» встречается реже и чётко привязывает носителя к южнорусскому ареалу: Рязанщине и Калужской земле.

Модель образования фамилии простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Жилянина — «дочь или жена Жиляна». Само прозвище Жилян образовано с помощью типичного для русских прозвищ суффикса -ян, который придаёт слову оттенок носителя признака (сравните: «гулян», «буян»).

Встречается и менее вероятная версия: связь с тюркским именем Жилян (от «джилян» — «ветер»). Но для русской фамилии, зафиксированной в центральных областях, диалектное объяснение убедительнее. Географически фамилия редкая и тяготеет к тем же регионам, где бытует глагол «жилять».