Фамилия Жиндеева — женская форма от Жиндеев, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. В основе лежит прозвище или имя Жиндей, а суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «сын Жиндея». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от нецерковных имён и прозвищ.

Корень «жинд-» в русских говорах редкость, но он прослеживается в диалектных словах. В рязанских и тамбовских говорах «жинда» — скупой, жадный человек, скряга. В других областях «жиндать» означало ныть, капризничать, привередничать. Оба значения дают понятную прозвищную характеристику: предка могли прозвать Жиндеем за скупость или за капризный нрав. Прозвища такого типа — «Скупой», «Жадоба», «Крикун» — в старину давали без злого умысла, по внешнему поведению, и они легко переходили в фамилии.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркскими языками. В казахском «жынды» означает «сумасшедший, бешеный» (от арабского «джинн» — дух). Если предок Жиндеев жил в зоне контакта с тюркским населением, прозвище могло прийти оттуда. Но для русской фамилии с суффиксом -ев такое заимствование — скорее исключение: обычно тюркские основы в русских фамилиях дают суффикс -ов (как в фамилии Жиндов). Поэтому диалектное русское происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Жиндеев и Жиндеева встречается в основном в центральных и южных регионах России: в Волгоградской, Ростовской, Воронежской областях. Это говорит в пользу южнорусских говоров, где слово «жинда» и его производные фиксировались чаще. Встречаемость фамилии невысокая, она не входит в списки самых распространённых, но и не является единичной.

В написании возможна вариация Жиндеева/Жиндеев — через «е» после «д», как в большинстве фамилий на -еев. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Жинде́ева, хотя в некоторых семьях могло закрепиться ударение на первый: Жи́ндеева. Оба варианта допустимы, но литературная норма для фамилий с суффиксом -ев обычно держит ударение на суффиксе.