Фамилия Жишкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «сын Жишки» или «человек из рода Жишки». В основе лежит мирское имя или прозвище Жишка. В древнерусской традиции мирские имена, образованные от названий животных, давали с практической целью: считалось, что имя, связанное с животным, помогает ребёнку перенять его качества и защищает от злых сил.

Само слово «жишка» — это уменьшительно-ласкательная форма от «жид» (в диалектном значении «поросёнок»). В некоторых говорах «жишка» означало именно маленького поросёнка. Соответственно, имя Жишка могли дать ребёнку, желая, чтобы он рос здоровым, упитанным и крепким, как поросёнок. В крестьянской среде такое пожелание было вполне естественным и не несло негативного оттенка.

Есть и вторая версия: Жишка — не имя, а прозвище, указывающее на род занятий. Так могли называть свинопаса или человека, который разводил свиней. В этом случае фамилия Жишкин переходит в разряд профессиональных, хотя различить эти два варианта (имя или прозвище) по прошествии веков уже невозможно.

Фамилия Жишкин — редкая, что характерно для имён и прозвищ, связанных с домашними животными и бытом. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, где было развито свиноводство. Однокоренные фамилии — Жишков, Жишко, Жишкевич — указывают на ту же основу, но образованы по другим словообразовательным моделям (суффиксы -ов, -ко, -евич).