Фамилия Жишкина образована от мирского имени или прозвища Жишка. В основе лежит слово «жишка» — так в старых русских говорах называли поросёнка. Имя Жишка давали ребёнку с пожеланием, чтобы природа принимала его как своего, а полезные качества поросёнка — здоровье, плодовитость, выносливость — перешли к человеку. Такие «животные» имена (Жук, Кот, Баранов) были в крестьянской среде обычным делом, их не считали обидными.

Есть и вторая версия: Жишкой могли прозвать взрослого человека по роду занятий — того, кто разводил свиней или пас их. В этом случае фамилия указывает на профессиональную принадлежность предка, а не на его личное имя. Обе гипотезы сходятся на одном корне — «жишка» в значении «поросёнок», так что этимология фамилии прозрачна.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Жишкин — значит «сын Жишки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я (Жишка → Жишкин, Кузьма → Кузьмин). Потомок человека по имени или прозвищу Жишка со временем закрепил за собой фамилию Жишкин, а её женская форма — Жишкина.

Фамилия редкая, в современных справочниках массово не встречается. По сравнению с однокоренными — Жиков, Жихарев — она сохранила более архаичную основу с уменьшительным суффиксом -шк-, что характерно для северных и центральных говоров. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они происходили из крестьянской или посадской среды, где мирские имена и прозвища держались дольше, чем в дворянских родах.