Фамилия Жолковские — классический пример родового имени, образованного от названия места. В основе лежит топоним Жолква (историческое написание — Жолкев), город во Львовской области Украины. Первое упоминание поселения на этом месте относится к 1368 году, когда оно называлось Винники. С 1598 года, после перехода во владение коронного гетмана Станислава Жолкевского, город получает имя Жолква и становится семейной резиденцией. Именно от этого рода и пошла фамилия, а сам город прославился регулярной планировкой с замком (1596–1630) и рыночной площадью. Модель образования фамилии типична для польской и западнорусской традиции: суффикс -ский указывал на принадлежность к месту или владение им. Носитель фамилии Жолковский — это либо прямой потомок владельцев города, либо выходец из тех краёв, кто взял фамилию по названию родины.

Встречается и вторая, менее убедительная версия, которая выводит фамилию из прозвища Жолковый. Слово связывают с глаголом «желкнуть» — «вянуть, желтеть». В этом случае прозвище могло относиться к ремесленнику-красильщику (окрашивающему ткани в жёлтый) или пожилому человеку. Однако эта гипотеза уступает топонимической: фамилия Жолковские слишком плотно привязана к конкретному городу и известному историческому роду, чтобы считать бытовое прозвище основным источником.

Советская переименовка 1951 года (в Нестеров) не изменила этимологии фамилии, и сегодня она остаётся прямым указанием на географические корни предков — западноукраинские земли, где с XIV века складывались местные дворянские и городские фамилии на -ский.