Фамилия Жолковский — типичный пример того, как географическое название становится родовым именем. Чаще всего её связывают с городом Жолква (историческое название — Жолкев) на Львовщине, который стоит на реке Свинья. Поселение известно с 1368 года как Винники, а с 1598-го — уже как Жолква. В XVII веке там сложилась регулярная планировка с замком (1596–1630) и торговой площадью в центре. Основатель фамилии, скорее всего, был уроженцем или жителем этого города. После 1951 года Жолкву переименовали в Нестеров, но фамилия сохранила старую привязку.

Модель на -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение: в Речи Посполитой такие фамилии получали землевладельцы, владевшие поместьем с названием Жолква. Однако со временем суффикс перестал быть сословным маркером, и Жолковскими становились и крестьяне, и мещане, переселившиеся из того же города.

Есть и альтернативная версия — от прозвища Жолковый. В его основе глагол «желкнуть»: «становиться жёлтым», «вянуть». Прозвище могло закрепиться за красильщиком тканей или кож, работавшим с жёлтыми пигментами, либо за пожилым человеком с пожелтевшей кожей. Эта гипотеза менее вероятна: прозвищные фамилии на -ский встречаются реже топонимических, но полностью исключать её нельзя.

В написании фамилии обращает на себя внимание начальное «Жо» — нестандартное для русского языка, где обычно пишут «жё». В украинском и польском произношении «о» здесь ударное и твёрдое, что и закрепилось в орфографии. Такая особенность — надёжный маркер западнорусского или польского происхождения рода.