Фамилия Жолковский образована от топонима Жолква (или Жолкев) — город в Львовской области Украины, расположенный на реке Свинья. С 1951 года переименован в Нестеров. Этот населенный пункт известен с 1368 г. Винники, а с 1598 ‒ как Жолква. В 17 веке сложилась регулярная планировка города с замком (1596‒1630) и торговой площадью в центре. Вероятно, основатель фамилии был уроженцем или жителем Жолквы. Согласно другой гипотезе, фамилия Жолковский образована от прозвища Жолковый, основой для которого послужил глагол «желкнуть» - «становиться желтым», «вянуть». Исходя из этого, можно предположить, что такое прозвище либо получил мастер по окраске тканей, кожи, либо пожилой человек. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Жолковый, со временем получил фамилию Жолковский.