Фамилия Жалковские (в мужском роде — Жалковский) чаще всего разбирают через мирское имя или прозвище Жалкий. В старой славянской традиции имя Жалкий давали не из сочувствия, а с охранительной целью: считалось, что «жалкое», незавидное имя отведёт от ребёнка внимание злых сил и завистников, а значит, жизнь у него сложится счастливее. Слово «жаль» тогда означало горе, печаль, скорбь — родители как бы заранее «оплакивали» ребёнка перед судьбой, чтобы та была к нему милостива.

Менее убедительная версия выводит прозвище Жалкий от человека, на долю которого выпало много бед. Но для фамилии, а не для бытового прозвища, эта трактовка слабее: в ономастике охранительные имена встречаются гораздо чаще, чем «печальные» прозвища, переходящие в наследственные фамилии.

Словообразовательная модель у фамилии смешанная. Первичная основа — Жалк- (от «жалкий»). На русской почве фамилия, скорее всего, сначала оформилась с суффиксом -ов: Жалков. А уже позже, на территории современных Украины или Белоруссии, к ней добавили типичный для шляхетских и западнорусских фамилий суффикс -ский. В итоге получилась фамилия Жалковский — звучащая по-польски или по-украински, но с русским корнем. Такая трансформация нередко происходила при переселении рода или при переходе в другую социальную среду, где фамилии на -ский считались более престижными.

Географически фамилия Жалковский сегодня встречается в основном в западных областях России, в Беларуси и на востоке Украины. Встречается и в Польше, но там её чаще связывают с топонимом Жалкув (Żałków) — такие фамилии могли возникать от названия места, а не от личного имени. Однако для русского и белорусского варианта версия с прозвищем выглядит убедительнее, потому что топонимов с корнем Жалк- в этих землях мало.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс превращения прозвища в наследственное имя шёл несколько столетий, и документальные подтверждения по каждой ветви обычно утеряны. Но сама конструкция — «охранительное имя + суффикс -ов + вторичный -ский» — довольно редкая и характерна именно для пограничья русских и польских земель XVII–XVIII веков.