Фамилия Жолтоноженко бросается в глаза необычным сочетанием корней: в ней слышится и «жёлтый», и «нога». На самом деле перед нами украинская фамилия, образованная от прозвища Жовтонiг — «жёлтоногий». Суффикс -енко, характерный для центральной и левобережной Украины, указывает на потомка: Жолтоноженко буквально означает «сын Жолтонога» или «тот, кто из рода Жолтоноженков».

Прозвище Жовтонiг могли дать по заметной внешней примете: например, человеку с жёлтыми от природы ногтями на ногах, с пигментацией кожи или с особой обувью — скажем, сапогами из жёлтой кожи. В украинском языке слово «жовтий» звучит как «жовтий», но в русской записи фамилия закрепилась через «о» — Жолто-, что характерно для адаптации украинских фамилий в официальных документах Российской империи. Иногда встречается написание через «е» — Желтоноженко, но вариант с «о» считается более старым и устойчивым.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям Украины — Полтавщине, Черкасщине, Киевщине. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, один род дал начало всем носителям. В отличие от распространённых «цветных» фамилий вроде Черненко или Беленко, Жолтоноженко сохраняет редкую двухкорневую основу, где второй корень — «нога» — указывает на конкретную часть тела, а не на абстрактный признак.

Интересно, что в украинской ономастике прозвища с корнем «нога» обычно давали не из-за хромоты или увечья, а из-за необычного цвета или формы ступней. Так что предок нынешних Жолтоноженко, вероятно, выделялся среди односельчан именно ногами — и эта особенность закрепилась в фамилии на века.