Фамилия Жубанищев — редкий пример, в котором угадывается не имя и не профессия, а прозвище, данное по особенности внешности или поведения. В её основе лежит слово «жубан», которое в южнорусских и украинских говорах означало «толстый», «пухлый», «надутый». Человека с одутловатым лицом, полного или склонного к обидчивости (как «надутый индюк») могли прозвать Жубаном. Суффикс -ищев указывает на принадлежность: Жубанищев — сын или потомок Жубана.

Модель образования нестандартна. В русских фамилиях чаще встречаются суффиксы -ов/-ев или -ин, а -ищев восходит к увеличительному суффиксу -ищ. В данном случае он не увеличивает, а скорее оформляет прозвище: Жубан → Жубанищев, то есть «относящийся к Жубану». Такая форма характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ищев фиксировались у крестьян и мещан, реже — у служилых людей. Географически фамилия встречается в основном в Курской, Орловской и соседних областях, что подтверждает её происхождение из зоны южнорусского говора.

Ударение в фамилии падает на второй слог: Жуба́нищев. Встречается также вариант Жубанищев с ударением на первый слог, но он менее распространён и, вероятно, возник из-за влияния диалектного произношения. Однокоренных фамилий мало: можно вспомнить Жубанов (более частый вариант) и Жубанич, но Жубанищев — самая редкая и морфологически интересная из них.

Никакой связи с тюркскими или кавказскими корнями в этой фамилии нет, несмотря на созвучие с некоторыми восточными именами. Слово «жубан» — чисто славянское, диалектное, и фамилия сложилась в русской крестьянской среде. Носители Жубанищевых — потомки тех, кого в деревне выделяли по внешности, и фамилия закрепилась за родом, не переходя в дворянские или купеческие слои.