Фамилия Жубанишев — редкий случай, когда географическая привязка надёжнее корневого разбора. Почти все её носители — выходцы из казахской степи, и основа фамилии лежит в тюркском именнике, а не в русской прозвищной традиции.

В центре фамилии — мужское имя Жубаниш. Его казахский корень «жубан» означает «утешение», «отрада». Полное имя Жубаниш (варианты — Жубаныш, Жубаныс) переводится как «утешитель» или «тот, кто приносит радость». В доисламской и раннемусульманской среде такие имена давали с пожеланием, чтобы ребёнок стал опорой и утешением для родителей, особенно если предыдущие дети умирали.

Русский суффикс -ев присоединился к основе уже в XIX–XX веках, когда казахи в составе Российской империи начали массово получать фамилии по отцу. Формально Жубанишев — это «сын Жубаниша». Обратите внимание: суффикс -ев, а не -ов, что характерно для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или шипящий (в данном случае конечный «ш» имени Жубаниш дал именно -ев).

Споров вокруг этимологии почти нет. Иногда фамилию путают с Жубанов или Жубаев, но они образованы от других имён: Жубан (корень «жубан» без уменьшительного суффикса) и Жубай (с аффиксом -ай). Жубанишев же чётко указывает на полную форму имени, которая в казахских родословных встречается реже, чем краткие варианты.

В сословном отношении предки Жубанишевых, скорее всего, были скотоводами или мелкими землевладельцами в Западном или Северном Казахстане — именно там фамилия фиксируется в метрических книгах конца XIX века. В дворянские родословные книги империи она не попала, что типично для фамилий, образованных от народных тюркских имён без аристократического суффикса -бай или -хан.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего стоят Жубанишев и Жубанисов — разница только в огласовке последнего слога (исконно казахское «Жубаныс» дало бы -ов, но в русской записи закрепился вариант с «ш»). Встречается также написание Жубанышев — это более точная, хотя и редкая, передача казахского произношения.