Фамилия Жумыгин — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, связано с манерой есть. В её основе лежит прозвище Жумыга, которое выводят от украинского слова «жумрати» — «жевать». Если следовать этой версии, основатель рода Жумыгиных получил прозвище за привычку медленно, старательно или часто пережёвывать пищу. Такие бытовые прозвища по действию или привычке — один из древних пластов русских фамилий, они возникали в крестьянской и ремесленной среде и нередко становились родовыми именами.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с киргизским словом «жума» — «пятница» или «неделя». В киргизской традиции пятница — священный день, когда завершают дела, собираются семьёй, а верующие совершают главный намаз. Но для русского или украинского прозвища такая основа маловероятна: фамилии на -ин образуются от прозвищ на -а/-я, и связка «Жумыга — от тюркского «жума»» выглядит натянутой. Скорее всего, это народная этимология, возникшая из-за внешнего сходства слов.

Фамилия построена по стандартной русской патронимической модели: к основе Жумыг- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Жумыги»). Такая модель в XIV–XVII веках вытеснила более древние формы отчеств и стала основной для большинства русских фамилий. Суффикс -ин, в отличие от -ов, типичен для основ, оканчивающихся на -а или -я.

Точное место и время возникновения фамилии Жумыгин не установлены — процесс закрепления прозвищ в качестве фамилий растянулся на несколько столетий, и письменные источники по таким редким фамилиям часто скудны. Можно предположить, что фамилия бытует в южнорусских или украинских регионах, где слово «жумрати» было в ходу. В любом случае, фамилия Жумыгин — живой след бытового прозвища, которое когда-то метко описывало своего первого носителя.