Фамилия Жунка — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет суффикса, который сразу указывал бы на географию или сословие (как -ский или -ов), а окончание -а наводит на мысль, что перед нами украинская или белорусская форма. Скорее всего, это не патроним (отчество), а прозвище, застывшее в именительном падеже.

Корень «жун» в славянских языках нечастый. Самая вероятная версия — связь с украинским глаголом «жуніти» или польским «żunąć», что значит «жужжать», «гудеть», «ныть». Прозвище Жунка могли дать человеку с монотонной, гудящей речью, ворчуну или тому, кто постоянно напевал себе под нос. В польских говорах есть слово «żunka» — ворчунья, брюзга. Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к диалектному «жунька» — так в некоторых западных областях называли деревянную колотушку или чурбан, тогда прозвище могло относиться к плотнику или просто к коренастому, крепкому человеку.

Географически фамилия встречается в основном на западе Украины (Волынь, Ровенщина) и на юго-востоке Польши, что подтверждает её западнославянские или украинские корни. В России она крайне редка и почти наверняка пришла с переселенцами из этих регионов. Встречается также вариант Жунька, где мягкий знак указывает на смягчение согласного, типичное для украинской фонетики.

С точки зрения словообразования, это типичная уменьшительная или прозвищная форма с суффиксом -к(а), характерным для украинских и белорусских фамилий, не перешедших в патронимическую модель на -ов. Такие фамилии часто сохранялись у казаков и крестьян, где фамилия могла закрепиться в той форме, в которой человека звали в быту. Сословных данных по фамилии нет, но её простота и прозрачная связь с бытовым прозвищем указывают на крестьянское или мещанское происхождение.

Если искать однокоренные фамилии, стоит обратить внимание на Жунь, Жуневич, Жунковский — все они редки и тяготеют к западным областям. Это дополнительно подтверждает, что основа «жун» — не общерусская, а локальная, диалектная. Таким образом, предок носителя фамилии Жунка, скорее всего, был человеком с юго-запада, получившим прозвище за манеру говорить или за внешность, и фамилия закрепилась за ним без изменений, минуя стандартную для России модель с суффиксом -ов.