Фамилия Жункэ — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение лежит не в славянской, а в романской языковой среде. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые образуются с помощью суффиксов -ов, -ев, -ин, -ский, Жункэ сохраняет иноязычную основу без адаптации. Скорее всего, это русифицированная запись португальской или галисийской фамилии Junqueira. В португальском языке слово «junqueira» означает «заросль тростника» или «место, где растёт тростник» (от junco — «тростник»). Соответственно, фамилия возникла как топонимическое прозвище — ею называли человека, жившего у тростниковых зарослей или выходца из местности с таким названием. В Португалии и Бразилии существует несколько топонимов Junqueira.

Как фамилия Жункэ могла оказаться в России? Вероятных путей два. Первый — через дворянские роды, имевшие связи с Западной Европой. В XVIII–XIX веках в Россию приезжали иностранные специалисты, купцы, военные; их фамилии нередко записывали на слух, упрощая произношение. Второй, более экзотический вариант — потомки русских эмигрантов, вернувшихся на историческую родину из Латинской Америки или Европы уже в XX веке. Поскольку фамилия чрезвычайно редка, каждый её носитель, скорее всего, связан с одной конкретной семейной линией.

С точки зрения русского языка фамилия Жункэ стоит в ряду несклоняемых: она не подчиняется правилам падежей, что типично для заимствований, оканчивающихся на гласный (ср. Дюма, Гюго). Ударение, по аналогии с португальским, падает на последний слог: Жункэ́. В дореволюционных метрических книгах можно встретить варианты написания «Жунке» или «Жункейра» — это зависит от того, как писарь услышал иноязычную фамилию. Сегодняшняя форма Жункэ — результат окончательной русификации на письме, когда мягкий знак или гласная «э» закрепились в документах.

Однокоренных русских фамилий у Жункэ нет, но в мировом контексте можно вспомнить бразильского писателя XIX века Жозе де Аленкара, носившего фамилию Junqueira. Это лишний раз подтверждает, что основа фамилии — не личное имя, а географический или ландшафтный признак. Если вы носите фамилию Жункэ, ваши предки с высокой вероятностью были выходцами из Португалии, Галисии или Бразилии, а в Россию попали либо по службе, либо в результате миграций последних столетий.