Фамилия Жунтовы образована от личного прозвища Жунт. Слово «жунт» звучит нехарактерно для славянских языков, поэтому лингвисты предлагают несколько версий его происхождения. Наиболее вероятная связь — с литовским глаголом žūti («погибнуть»), что могло отражать трагическую судьбу предка или его профессию, связанную с риском. Менее убедительна гипотеза о румынском junete («молодость»), так как фамилии на -ов редко образуются от абстрактных понятий. Версия о турецком cunt («военная хунта») выглядит натянутой: в русских говорах это слово не фиксируется.

Модель образования типична: прозвище + патронимический суффикс -ов. Такую фамилию давали потомку, чьего отца или деда в округе знали как Жунта. Географически фамилия редкая, что указывает на локальное бытование прозвища — скорее всего, в западных или южных губерниях, где были контакты с балтийскими или тюркскими языками.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Жунтовы не упоминаются, что подтверждает их нечастотность. Из-за этого точное время и место возникновения фамилии установить сложно. Однако сам факт, что прозвище не переосмыслили в более привычное «Жуков» или «Журавлёв», говорит о сохранении исходного звучания в узком кругу носителей.