Фамилия Жужакина — женская форма фамилии Жужакин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Жужака. В русской ономастике суффикс -ак- (в данном случае с последующим -ин) часто указывает на человека по характерному действию или звуку. «Жужать» — подражательный глагол, означающий издавать монотонный гудящий звук, похожий на жужжание насекомого. Так могли прозвать человека с негромкой, но назойливой речью, ворчуна, болтуна, а также того, кто постоянно напевал себе под нос.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с диалектным словом «жужака» — так в некоторых говорах называли оводов или слепней. В этом случае прозвище могло пристать к беспокойному, надоедливому человеку, от которого «не отмахнуться». Однако в пользу «звуковой» гипотезы говорит то, что в русских фамилиях с корнем жуж- (Жужев, Жужлев, Жужгин) преобладает именно глагольная семантика.

Сам суффикс -ак- в прозвищах был продуктивен в северных и центральных регионах России, но точную географию фамилии Жужакина указать сложно — она редкая и не фиксируется в массовых списках распространённых фамилий. По модели образования (основа на -а + суффикс -ин) фамилия типична для крестьянской и мещанской среды: «чей?» — Жужакин, то есть сын или потомок Жужаки.

Таким образом, предок носительницы этой фамилии, скорее всего, получил прозвище за манеру говорить или за характер — негромко, но постоянно «жужжать». Фамилия сохранила звукоподражательный оттенок, который сразу слышен в произношении.