Фамилия Жужакова — женская форма фамилии Жужаков, и её происхождение стоит искать не в одном корне, а в двух возможных, и это как раз тот случай, когда интереснее всего — спорная основа.

Самое прямолинейное объяснение: прозвище Жужак от глагола «жужжать». В русских говорах «жужой» или «жужа» называли того, кто постоянно ворчит, брюзжит или говорит без умолку, монотонно, как насекомое. В этом случае фамилия — типичный пример прозвища по характеру, данное человеку с назойливой, надоедливой манерой речи. Суффикс -ак в фамилии Жужаков (Жуж-ак-ов) указывает на лицо, наделённое признаком, названным в корне: «жужжащий человек». Такая модель характерна для русских фамилий от прозвищ (ср. Гуляк — Гуляков, Ширяк — Ширяков).

Вторая, менее очевидная, но этимологически более глубокая версия: основа «жуж» может быть вариантом древнерусского «жуг» или «жуж» — «жар», «зной». В этом случае Жужак — человек, связанный с жаром: кузнец, работающий у горна, или тот, кто живёт в жарком, выжженном месте. Эта версия подкрепляется тем, что в некоторых диалектах слово «жужать» означало «гореть», «тлеть». Если принять эту гипотезу, фамилия оказывается профессиональной или топонимической по происхождению, а не бытовой.

Словообразовательная модель проста: к основе Жуж- добавлен суффикс -ак (образует существительное со значением деятеля или носителя признака), затем патронимический суффикс -ов. Фамилия Жужаков — отчество второго порядка: «сын Жужака». Ударение, скорее всего, на второй слог: ЖужАков.

Фамилия редкая, нечастотная. Её география не привязана к одному региону, но чаще встречается на юге России и в Поволжье, где диалектная лексика активнее сохраняла подобные корни. Встречаются варианты написания с одной «ж» (Жужаков), но это скорее опечатка, чем самостоятельная форма. В сводных списках русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не упоминается, что подтверждает её локальный и сравнительно поздний характер — скорее всего, фамилия оформилась в XVIII–XIX веках в среде однодворцев или государственных крестьян.