Фамилия Зилен — редкий случай, когда написание почти не оставляет сомнений в происхождении. В ней нет русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский), а основа выглядит чужеродно для славянского уха. Это типичная фамилия немецкого или еврейского (ашкеназского) корня, записанная в русской транскрипции.

Чаще всего фамилия восходит к немецкому слову sielen или Siel — «шлюз», «водосток», «канал». В северной Германии, особенно в землях Шлезвиг-Гольштейн и Нижняя Саксония, слово Siel обозначало дренажное сооружение на побережье. Фамилию могли дать человеку, который жил у такого шлюза или работал смотрителем каналов. Вторая, менее распространённая версия — от немецкого siel в значении «тихий», «спокойный», что могло стать прозвищем по характеру.

В еврейской среде фамилия Зилен (варианты: Зильбер, Зильберман, Зиленский) могла возникнуть как искусственная, образованная от немецкого Silber («серебро») с усечением или изменением окончания. Однако для формы «Зилен» такое объяснение менее убедительно: обычно серебряные фамилии сохраняли корень зильб-.

Географически фамилия Зилен встречается в России и странах бывшего СССР в единичных случаях, чаще — у потомков немецких колонистов, переселившихся в Поволжье и на юг Украины в XVIII–XIX веках. В немецких землях фамилия Sielen фиксируется с XVII века в приходских книгах Восточной Фризии.

Обратите внимание на написание: если в документах встречается вариант «Зиленн» (с двумя «н»), это может указывать на литовское или польское происхождение, где фамилия восходит к слову žilas («седой»). Но для формы с одной «н» немецкий корень остаётся основным.