Фамилия Зиндер, скорее всего, немецкого происхождения. Её основа — слово Zinder, которое на русский переводится как «шлак». Шлак — это застывший расплав, который образуется в металлургических печах как побочный продукт плавки руды. Он всплывает на поверхность жидкого металла, защищая его от газов и удаляя лишние примеси, а после застывания его используют в строительстве (для кирпича, черепицы) и как удобрение. Прозвище Зиндер могли дать человеку, который работал с металлом — плавильщику, литейщику или мастеру, занятому в горнодобывающем деле.

Модель образования фамилии проста: немецкое прозвище Zinder перешло в фамилию без изменений, без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Это характерно для фамилий, которые закрепились в документах в исходной форме, особенно в среде немецких колонистов, переселявшихся в Россию в XVIII–XIX веках. Поэтому географически фамилия Зиндер чаще всего встречается там, где были немецкие поселения: Поволжье, юг Украины, Прибалтика, а также в крупных городах, куда специалисты переезжали по работе.

Среди носителей фамилии есть одна заметная фигура в науке — Лев Рафаилович Зиндер (1903–1995). Он был лингвистом, учеником Льва Щербы, доктором филологических наук. Зиндер много занимался фонетикой и германистикой, а после смерти учителя долго хранил традиции Ленинградской фонологической школы. Эта фигура примечательна ещё и тем, что её обладатель посвятил жизнь изучению языка — совсем не металлургии, что лишний раз напоминает: связь фамилии с ремеслом предков не определяет судьбу потомков.

В русском языке фамилия Зиндер склоняется как обычное существительное мужского рода: Зиндера, Зиндеру, Зиндером. В женском варианте, если речь о женщине, фамилия не склоняется.