Фамилия Зинер — редкий для России пример фамилии, которая почти наверняка пришла из немецкого языка, а не славянского. Её основа — немецкое слово «Sinner» или «Zinner». В первом случае корень восходит к слову «Sünde» (грех), и фамилия могла означать «грешник» — но не в качестве проклятия, а как прозвище для человека, который играл роль грешника в средневековых мистериях или нёс епитимью. Во втором, более бытовом варианте, «Zinner» — это «лудильщик», мастер по работе с оловом (нем. Zinn — олово). Так называли ремесленников, которые паяли посуду, чинили металлическую утварь. Оба значения — прозвище по профессии или по роли в общине — одинаково правдоподобны.

Фамилия не имеет славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что выдаёт её позднее появление в России. Носители Зинер — это, скорее всего, потомки немецких колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках по приглашению Екатерины II. Такие семьи оседали в Поволжье, на юге Украины, в Причерноморье. Фамилия могла сохранить исходное написание Zinner, но в русских документах её записывали на слух — без удвоенной «н», как Зинер.

В славянской среде встречается ошибочное сближение с корнем «зин» (зима, зябнуть) или с тюркским «зин» (пленник, раб), но эти версии лингвистически слабы: у фамилии нет ни типичного восточного суффикса, ни славянского окончания. Единственное исключение — если Зинер является русифицированной формой еврейской фамилии Зиннер (от идиш «зинер» — певец), но и тогда корень остаётся германским.

Сегодня фамилия Зинер встречается редко, в основном в регионах бывших немецких колоний, а также в крупных городах. Её носители — потомки тех самых лудильщиков, актёров или певцов, чьё ремесло или прозвище закрепилось в роду без изменений.