Фамилия Зипер — один из тех случаев, когда корень ясен, а вот точное значение зависит от того, на каком языке говорили предки. В основе лежит немецкое слово «Sieper» (или «Zieper»), которое в разных диалектах могло означать либо человека, который постоянно ноет или жалуется (от глагола «siepen» — хныкать), либо, что вероятнее, — того, кто сидит на меже или границе участка (от «Sippe» или «Zippe» в значении «край, граница»). Второй вариант правдоподобнее: в немецкой ономастике фамилии, образованные от названий границ и межевых столбов, встречаются часто и указывают на место жительства.

Фамилия явно не славянская, а немецкая или еврейская (ашкеназская). В России и на постсоветском пространстве она могла закрепиться у поволжских немцев, переселившихся в XVIII веке по приглашению Екатерины II, или у евреев, получивших фамилию при записи в метрические книги в XIX веке. Если предки были немцами-колонистами, то Зиперы скорее всего жили в Саратовской, Самарской губерниях или в Западной Украине (Галиция). Если еврейского происхождения — фамилия могла возникнуть в черте оседлости как вариант от «Zipper» (молния, застёжка) или как топонимическая — от названия местечка.

Суффикс отсутствует — это чистая основа, что типично для немецких фамилий, пришедших в русский язык без переделки. В русском написании «Зипер» — это транслитерация. В немецком варианте чаще встречается «Sieper» или «Zieper», но буква «з» в начале указывает на то, что в исходнике была звонкая «Z». Написание через «и» (а не через «ы» или «е») говорит о том, что фамилия попала в русский язык достаточно поздно, уже после того, как закрепились правила передачи немецких гласных.

Если искать аналоги среди русских фамилий, то по смыслу Зипер близок к Межевому или Гранину — тоже указывал на человека, жившего на краю общинной земли. Но в отличие от них, Зипер не получил славянского суффикса, так и остался «голым» корнем. В сословном плане носители этой фамилии в Российской империи были, скорее всего, крестьянами или мещанами; в дворянских родословных книгах она не зафиксирована.

География бытования сегодня размыта: Зиперы встречаются в России, на Украине, в Германии и Израиле. Из-за репрессий против советских немцев в 1940-е годы многие носители фамилии были депортированы, поэтому сейчас её можно найти в Сибири, Казахстане и Средней Азии.