Зиников — фамилия, в которой слышен отзвук древнерусского имени. Её основа — Зиник, уменьшительная форма от канонического имени Зиновий. В церковном календаре Зиновий (от греческого «Зенобиос» — «живущий по-божески») был распространён среди духовенства и крестьян, но в быту полное имя часто сокращали: Зиня, Зинька, Зиник. Суффикс -ик в имени Зиник указывает на ласкательное или обиходное звучание — так могли звать подростка или младшего в семье.

Модель образования проста и типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Зиник, дав отчество-прозвище «сын Зиника». Форма Зиников, а не Зининов, говорит о том, что в основе лежала именно краткая форма имени, а не полная. Это отличает фамилию от более редкой Зиновьев, где корень — полное имя Зиновий.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России — встречается в документах по Тульской, Рязанской, Воронежской губерниям. В XIX веке Зиниковы чаще всего числились государственными крестьянами или однодворцами, то есть людьми, не знавшими крепостной зависимости. В некоторых говорах слово «зиник» могло означать «зяблик» (птица), но эта версия менее вероятна: для прозвищ по птицам обычно брали названия в полной форме (Зяблик, Соловей), а не уменьшительные.

Фамилия не получила широкого распространения среди дворянства и купечества — осталась в крестьянской и мещанской среде. Её носители не попали в исторические хроники, но сохранились в метрических книгах и ревизских сказках, где Зиниковы фигурируют как пахари, плотники, изредка — сельские священники. В XX веке фамилия встречается уже по всей стране, но остаётся относительно редкой: по данным современных телефонных справочников, на Россию приходится не более нескольких сотен носителей.