Фамилия Зиникова — женская форма фамилии Зиников, которая восходит к просторечной форме крестильного имени Зиновий. Само имя Зиновий происходит от древнегреческого «Зенобиос» (Zēnobios), где «Зевс» (Zēn) соединяется с «биос» (bios) — «жизнь». То есть в буквальном переводе имя означает «живущий по-божески» или «жизнь, данная Зевсом». Однако в русской народной среде это сложное имя упростили до коротких обиходных вариантов — Зиня, Зиник, Зина.

Фамилия образована по продуктивной модели на -ов/-ев: от прозвища или некалендарного имени Зиник при помощи суффикса -ов- и окончания -а для женского рода. Мужской вариант — Зиников. Такие фамилии типичны для центральных и северных губерний России, где суффикс -ов присоединяли к основам на твёрдый согласный: Зиник → Зиников. В отличие от фамилий на -ин (Зиникин), вариант с -ов встречается реже и может указывать на конкретную диалектную или семейную традицию.

Поскольку имя Зиновий было распространено в купеческой, мещанской и крестьянской среде (особенно в XIX веке), фамилия Зиникова не указывает на принадлежность к дворянству или духовенству. Скорее всего, предок носителя фамилии был простым человеком, которого в быту звали Зиником — уменьшительно-ласково или для отличия от тёзок. Со временем это прозвище закрепилось как родовое имя, передавшееся потомкам.

Встречаются и другие фамилии того же корня: Зиновьев (от полной формы имени), Зиньковский, Зинин. Но Зиников/Зиникова стоит особняком — в ней сохранилась именно та народная, «домашняя» форма имени, которая редко попадала в официальные документы. Поэтому носители фамилии Зиникова могут с большой вероятностью считать, что их предки жили в среде, где церковные имена переиначивали на свой лад, и это не считалось чем-то зазорным.