Фамилия Зинкеева — одна из тех, где за одним написанием может скрываться несколько историй происхождения. Самая прямая версия ведёт к мужскому крестильному имени Зиновий (от древнегреческого «Зевс» и «биос» — жизнь, то есть «богоугодно живущий»). Одна из его обиходных, производных форм — Зинкей — и дала начало фамилии. Церковным покровителем этого имени считается святой мученик Зиновий.

Однако есть и другая, нецерковная версия, связанная с мирским именем-оберегом. В основе лежит глагол «зинуть», который в некоторых говорах означал «сгинуть», «пропасть» или даже «орать». По старому русскому обычаю, чтобы обмануть злые силы, ребёнку давали имя с противоположным значением: желая сыну здоровья и красоты, родители могли назвать его Зинкеем — как бы отводя беду. Эта версия объясняет, почему имя, звучащее неблагозвучно, могло быть желанным.

Третья гипотеза ведёт к украинскому корню «зiньки» — зрачки, глаза. В этом случае прозвище Зинкей получал человек с большими глазами или необычайно зоркий. Независимо от того, какой путь верный, суффикс -ев указывает на принадлежность: Зинкеев — это «сын Зинкея». Фамилия женского рода Зинкеева сохраняет ту же основу, указывая на потомка по женской линии или на замужнюю женщину из этого рода.