Фамилия Зипунников образована от прозвища Зипунник, в основе которого лежит аналогичное нарицательное. Даля оно трактуется как «крестьянин, мужик». Таким образом, вполне вероятно, что это прозвище отражало социальный статус родоначальника фамилии. Согласно другой гипотезе, прозвище Зипунник ведет свое начало от существительного «зипун», то есть «кафтан». В таком случае прозвище могло относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека: возможно, предок обладателя фамилии Зипунников был портным. Так и прозвище Зипунник закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Зипунников. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Зипунник, со временем получил фамилию Зипунников.