Фамилия Зипунниковы (в бытовом употреблении чаще встречается форма Зипунников) образована от прозвища Зипунник. В основе прозвища — слово «зипун», род крестьянской верхней одежды, кафтан из грубого сукна. Владимир Даль в своём словаре прямо трактует слово «зипунник» как «крестьянин, мужик». То есть прозвище могло указывать на социальное положение предка: простой крестьянин, человек из народа, носивший зипун. Это самая прямая и вероятная версия.

Есть и вторая гипотеза, построенная на профессиональной основе. Зипунником могли прозвать портного, который шил зипуны, или торговца, который ими торговал. Обе версии не противоречат друг другу: в любом случае прозвище прочно связывало человека с крестьянским бытом и ремеслом. Суффикс -ник в основе указывает на лицо по его занятию или характерному признаку (ср. сапожник, охотник), а фамильный суффикс -ов оформляет принадлежность: «чей?» — Зипунников, то есть сын, потомок Зипунника.

Фамилия не относится к числу распространённых дворянских — её носители, скорее всего, были выходцами из крестьянской или посадской среды. Географически фамилия встречается в центральных и южнорусских регионах, где зипун был обычной одеждой. Точное время возникновения фамилии установить сложно: такие «бытовые» прозвища переходили в фамилии на протяжении XVII–XIX веков, и процесс шёл независимо в разных губерниях.

Однокоренные фамилии — Зипунов, Зипунников, Зипунков — все они восходят к тому же слову «зипун» и различаются только суффиксальными вариантами, что типично для русских фамилий, сложившихся стихийно.