Фамилия Зипунов — классический пример «профессиональной» фамилии, образованной по модели «прозвище + суффикс -ов». Основа здесь — прозвище Зипун, которое указывало не на внешность или характер человека, а на его ремесло. В старину зипуном называли верхнюю одежду: кафтан без воротника из грубого самодельного сукна ярких цветов, со швами, отделанными контрастными шнурами. Носили её крестьяне весной и осенью как будничную и праздничную одежду, а также поверх основной — в дорогу или в ненастье. Праздничные зипуны шили из фабричного сукна чёрного или синего цвета, будничные — из серого или белого домашней выработки. Обычно это была двубортная одежда с длинными рукавами, без воротника или с небольшим стоячим, застёгивающаяся справа налево на крючки или кожаные пуговицы с петлями.

Скорее всего, прозвище Зипун получил человек, который эти зипуны шил, — портной, специализировавшийся на такой одежде. В русской ономастической традиции фамилии, образованные от названий предметов одежды, почти всегда восходят к ремеслу, а не к привычке носить определённую вещь. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Зипуна» или «из семьи Зипуна». Так прозвище закрепилось за основателем рода, а затем перешло в фамилию Зипунов.

Фамилия встречается в центральных и южных регионах России, где зипун был особенно распространён. Редкая деталь: в некоторых говорах зипуном могли называть не только кафтан, но и грубую рабочую куртку — это ещё больше укрепляет версию о ремесле, а не о бытовой привычке. Других правдоподобных версий происхождения у этой фамилии нет: связь с диалектным «зипун» в значении «неряха» или «оборванец» выглядит натянутой, так как такая одежда была обычной, а не признаком бедности.