Фамилия Зизенкин — редкий случай, когда суффикс указывает на нерусское происхождение основы точнее, чем словари. Модель образования здесь нестандартная: основа «Зизенк-» плюс типичный русский суффикс притяжательных прилагательных -ин. Но сама основа явно не славянская — она восходит к немецкой или еврейской фамилии, которая в свою очередь произошла от топонима.

Скорее всего, в основе лежит немецкая фамилия Ziesing или Ziesenk, распространённая среди меннонитов и колонистов, переселявшихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Такие фамилии часто образовывали от названий деревень в Пруссии или Нижней Саксонии (например, Ziesendorf). При переходе в русскую среду окончание -ing или -enk осмыслялось как основа, к которой добавили привычный патронимический суффикс -ин. Получилось «Зизенкин» — буквально «сын Зизенка» или «потомок того, кто из Зизена». Второй вариант — происхождение от идишского прозвища Zisenk (уменьшительное от Zis, «сладкий»), но это менее вероятно, так как суффикс -к- в еврейских фамилиях чаще даёт форму Зизенко, а не Зизенкин.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где селились немецкие колонисты. В дореволюционных метрических книгах Зизенкины встречаются среди крестьян и мещан Саратовской и Самарской губерний, а также в Таврической губернии. Социальный контекст простой: предки, скорее всего, были земледельцами или ремесленниками в немецких колониях, а после обрусения фамилия закрепилась за их потомками уже в русском звучании. Интересно, что в некоторых документах XIX века фамилию писали через «с» — Зисенкин, что подтверждает связь с немецким прочтением Z.

Таким образом, Зизенкин — фамилия-гибрид: немецкий корень и русская огласовка, возникшая на стыке культур в эпоху массовых переселений.