Фамилия Зизеко — пример того, как в одной словообразовательной цепочке смешались разные языковые традиции. Её основа, скорее всего, восходит к имени или прозвищу Зиза, Зизый. К этой основе добавился польско-белорусский уменьшительный суффикс -ек, а затем конечное -о, что характерно для украинских фамилий. Получилась форма Зизек(о), где последнее -о — уже не суффикс, а часть фамилии, закрепившаяся на письме.

Самая прямая версия связывает фамилию с прозвищем Зизый. В украинском языке «зизий» означает «косоглазый». Такое прозвище мог получить человек с заметным дефектом зрения. Но здесь возможен и охранительный смысл: в народной традиции ребёнку могли дать «плохое» прозвище, чтобы отвести от него настоящую беду. То есть Зизым называли не косого, а наоборот — здорового, чтобы злые силы не позарились.

Есть и другая, менее бытовая гипотеза: фамилия могла произойти от библейского имени Зиза. В переводе с древнееврейского оно означает «блеск» или «сияние». В Ветхом Завете Зиза — один из начальников колена Симеона, левит из рода Гирсона. Имя это редкое, и если предок носителя фамилии был человеком книжным или духовного звания, он мог получить такое имя по святцам. Но для фамилии, бытовавшей в крестьянской или казачьей среде, прозвищное происхождение выглядит правдоподобнее.

Фамилия Зизеко — украинская по модели (суффикс -ек и конечное -о), но с возможным польским следом в форманте. Встречается она нечасто, в основном на западе и в центре Украины, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.