Фамилия Зизенков связана с украинским словом «зиз» — «косоглазие». От него пошло прозвище Зиз, которое давали человеку с таким недостатком зрения. Прямое прозвище, указывающее на внешнюю примету, — самый частый случай в русской и украинской антропонимии. К основе Зизен- (с суффиксом -ен-, характерным для украинских и южнорусских прозвищ) добавили типичный русский фамильный суффикс -ов. Так Зизенко, Зизеня или просто Зиз стали Зизенковыми. Фамилия редкая, её ареал, скорее всего, ограничен южнорусскими и украинскими территориями, где слово «зиз» было в ходу. В письменных источниках фамилия не зафиксирована широко, поэтому точная дата её появления неизвестна. Носители фамилии — потомки человека, которого когда-то назвали по заметной особенности глаз.