Фамилия Зизенкова — женская форма фамилии Зизенков. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев, -ин традиционно образовывались от имени или прозвища отца. Зизенков, скорее всего, произошел от прозвища Зизенок, а оно, в свою очередь, от слова «зиза» или «зизюля». В русских говорах «зиза» могла означать плаксу, нытика или капризного человека. В некоторых диалектах «зизюля» — это кукушка, а «зиза» — змея. Впрочем, более вероятна версия с прозвищем, данным за манеру поведения: предок мог быть обидчивым или плаксивым, что и закрепилось в фамилии.

Модель образования через суффикс -енок (-онок) характерна для северных и центральных областей России и Белоруссии. Суффикс -енок в белорусской и западнорусской традиции обозначал молодое существо или сына: Зизенок — буквально «сын Зизы». Это указывает, что основатель рода носил прозвище Зиза. Со временем, при оформлении фамилии, добавился типичный русский суффикс -ов, и Зизенок превратился в Зизенков.

Фамилия редкая, и её география бытования узкая. Основные следы ведут в Тверскую и Смоленскую области, а также в Беларусь. В переписных книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков носители фамилии Зизенков встречаются среди крестьян и мещан. Поскольку прозвище было не из благозвучных (плакса), в дворянской среде она практически не фиксируется. Таким образом, Зизенкова — фамилия, указывающая на конкретное прозвище предка, его происхождение из западнорусских или белорусских земель и принадлежность к крестьянскому или мещанскому сословию.