Фамилия Зизюкова — женская форма от Зизюков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Зизюк. Самая вероятная основа — диалектное слово «зизя», которое в южнорусских и украинских говорах означало «сосулька» или «капля, стекающая с крыши». Человек с таким прозвищем мог получить его за внешность — например, за худобу, бледность или за то, что у него постоянно текло из носа (в народе такое состояние тоже называли «зизей»). В некоторых говорах «зизюк» — это ещё и название птицы, возможно, кукушки или какой-то мелкой пичуги, так что прозвище могло быть и по повадкам или голосу.

Суффикс -ук/-юк в основе типичен для украинской и южнорусской ономастики: он уменьшительно-ласкательный или указывал на принадлежность (сын Зизи). То есть Зизюк — это либо «маленький зиза», либо «сын Зизи». Русский патронимический суффикс -ов присоединили уже при оформлении фамилии на великорусский манер, что часто случалось с украинскими или пограничными прозвищами. Таким образом, Зизюков — это буквально «потомок Зизюка».

Встречается фамилия преимущественно в южных регионах России — например, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Белгородской и Воронежской областях. Это зона, где пересекались русские и украинские говоры, и слово «зизя» там было в ходу. Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с тюркским корнем, где «зиз» могло означать «острый» или «колкий», но для этого нет прямых диалектных подтверждений.

В истории фамилия не получила широкой известности — нет громких дворянских родов или знаменитых деятелей с такой фамилией. Это фамилия крестьянского и казачьего происхождения, что подтверждается её географией: в ревизских сказках XIX века Зизюковы чаще всего записаны как государственные крестьяне или однодворцы. Так что предки человека с фамилией Зизюкова, скорее всего, были простыми землепашцами или казаками южных рубежей России, а их родовое прозвище отсылало к какой-то заметной черте — может быть, к зябкости, худобе или особому говору.