Фамилия Зизюля — редкий случай, когда прозвище почти без изменений перешло в фамилию. В ней нет типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, поэтому перед нами, скорее всего, так называемая «окаменевшая» форма прозвища, которая закрепилась за родом в исходном виде. Такое часто встречалось на Украине и в Беларуси, где фамилии на -а, -я, -ук, -енко более характерны, чем в великорусских землях.

Основа фамилии — слово «зизуля» или «зозуля», которое в украинском и некоторых южнорусских говорах означает «кукушка». Переход начального «з» в «з» или «зз» в фамилии — явление нередкое: так могли записать прозвище на слух, с аканьем или диалектным смягчением. Кукушка в народной культуре — птица неоднозначная: с одной стороны, вещая, предсказывающая срок жизни, с другой — символ одиночества, матери, бросившей детей. Прозвище Зизуля могли дать худощавому, вертлявому человеку, тому, кто часто менял место жительства, или, напротив, одинокому, нелюдимому крестьянину.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным глаголом «зизюлить» (или «зюзить»), означающим «пить, пьянствовать» или «шататься без дела». В этом случае прозвище носило бы ироничный или укоризненный оттенок. Однако «кукушечья» этимология выглядит убедительнее, так как она подкрепляется широким распространением фамилий Зозуля, Зозулин и их фонетических вариантов на юге России и востоке Украины.

Географически фамилия Зизюля чаще всего встречается в Смоленской, Брянской областях, а также в Беларуси — то есть в зоне смешения восточнославянских говоров. Фамилия недворянская, крестьянская или казачья: прозвища от названий птиц были типичны для простого люда и нередко становились фамилиями без каких-либо формальных изменений. Таким образом, предок носителя фамилии Зизюля — человек, которого в деревне знали как «кукушку», и это прозвище со временем стало родовым именем.