Фамилия Злодеев — наглядный пример того, как слово с резко отрицательным смыслом в современном языке могло быть обычным прозвищем в прошлом. В основе фамилии лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Злодей. Слово «злодей» в старину не обязательно означало преступника; оно восходило к корню «зло» — «беда, несчастье, порок».

Скорее всего, прозвище Злодей носило охранительный, обережный характер. Родители нарекали так ребёнка, чтобы отвести от него настоящие беды: считалось, что злые духи не позарятся на того, кого уже назвали «злодеем», и обойдут стороной. Подобная практика — давать детям «плохие» имена (Некрас, Нелюб, Дурак) — была широко распространена на Руси.

Тем не менее, нельзя полностью исключать и бытовую версию: прозвище Злодей мог получить человек с тяжёлым, сварливым нравом или же тот, кто промышлял воровством и мошенничеством. Слово «злодей» в народной речи постепенно смещалось от значения «несчастный, причиняющий зло» к более конкретному «разбойник, лиходей».

Фамилия образована по стандартной патронимической модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или на й (Злодей → Злодеев). Это типичная русская фамилия, не дворянская и не книжная, а прозвищная, крестьянская или посадская. Географически она встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что говорит о её давнем, но не массовом распространении.

Таким образом, носитель фамилии Злодеев — потомок человека, которого в XV–XVII веках называли Злодеем, скорее всего, с обережной, а не с криминальной целью.