Фамилия Злуницин образована от мирского имени Злуница. В старину так называли лихорадку и любую болезнь, сопровождающуюся жаром. Имя давали по принципу оберега: считалось, что, назвав сына Злуницей, родители отводят от него настоящую беду и хворь, а мальчик вырастет здоровым. Подобная «охранительная» модель встречается в русской ономастике нередко (сравните фамилии Лихорадкин, Трясунов, Огневитин), и Злуницин — один из таких примеров.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Злуницин, то есть сын Злуницы). В русских фамилиях этот суффикс характерен для основ, оканчивающихся на -а/-я, поэтому форма Злуницин, а не Злуницев, логична и устойчива.

Мирское имя Злуница фиксируется в северных и центральных регионах России, где диалектное слово «злуница» (злúнка, злуни́ца) бытовало в значении «горячка, лихорадка». В письменных источниках XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания крестьян и посадских людей с этим именем, но массового распространения оно не получило — отсюда и редкость самой фамилии.

Таким образом, Злуницин — не прозвище по характеру или внешности, а именно охранительное имя. Предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или ремесленником из северной или центральной части России, а его имя-оберег со временем перешло в фамилию.