Фамилия Злуницына — женская форма от Злуницын, и её разумнее всего разбирать в мужском варианте, чтобы добраться до корня. Основа здесь — «злуниц-», что сразу наводит на мысль о слове «зло». Но не спешите записывать предка в злодеи: в русских говорах «злуница» — это не «злая женщина», а, скорее всего, местное название какого-то растения, возможно, с горьким или едким вкусом, либо колючего сорняка. В ономастике такие прозвища-растения встречаются сплошь и рядом: человека могли назвать по схожести характера с травой («колючий, как репей») или по занятию — например, сбором этой травы для хозяйственных нужд.

Суффикс «-ин» указывает на типичную русскую модель образования от существительных женского рода или от прозвищ на «-а»/«-я». То есть прозвище Злуница (или Злунец, если исходная форма мужская) мог получить либо сам носитель, либо его мать — по так называемому «матримониальному» принципу, когда ребёнка называли по матери (Злуница — мать, отсюда Злуницын). Впрочем, версия с прозвищем отца-Злуницы проще и встречается чаще.

Что касается корня «зл-», не стоит искать в нём только негатив. В древнерусском языке «злой» могло означать «несчастный», «бедовый», а иногда даже «лихой» в смысле «удалой, смелый». В северных и сибирских говорах, например, «злун» — это человек, который «злится», но не со зла, а по болезни или от горя. Так что предок мог быть не злодеем, а просто невезучим человеком или тем, кого считали «порченым», «одержимым» — в народной среде такие прозвища давали без злого умысла, как констатацию факта.

Географически фамилия редкая. По доступным данным, Злуницыны встречаются в основном на Русском Севере (Архангельская, Вологодская области) и в Поволжье. Это говорит о том, что прозвище могло быть диалектным, местным. В центральных губерниях её почти нет, что косвенно подтверждает версию о северном или восточном происхождении.

Интересная деталь: в некоторых списках фамилия писалась через «ы» — Злыницын. Это не ошибка, а отражение живого произношения: в говорах после «з» звук «у» мог редуцироваться или переходить в «ы». Такая вариативность — обычное дело для фамилий, записанных со слов крестьян, которые сами не всегда знали, как правильно писать своё прозвище.