Фамилия Злуницина — женская форма, а её мужской вариант, Злуницин, встречается редко, что уже намекает на необычность словообразовательной модели. В русской антропонимии суффикс -ин стандартно присоединяется к основам на -а/-я (сын Кузьмы — Кузьмин, дочь Маланьи — Маланьин), но здесь основа оканчивается на -иц. Такая модель редка и указывает на происхождение от прозвища, образованного с помощью суффикса -ица: «злуница».

Что такое «злуница»? В диалектах русского языка это слово могло означать женщину со злым, сварливым нравом — от прилагательного «злой». Однако есть и другая, более конкретная версия. В северных и сибирских говорах «злуницей» называли змею, особенно гадюку, причём слово это употреблялось не столько как биологический термин, сколько как ругательное или охранительное прозвище. Человек, получивший такое прозвище в семье, мог быть не злым, а, наоборот, «отмеченным» — в народной культуре через обзывание опасным животным часто пытались обмануть нечистую силу или злых духов.

По структуре фамилия Злуницин — типичное «отпрозвищное» образование, но с нечастым суффиксом. Сравните с фамилиями того же ряда: Злобицын (от «злобица»), Губицын (от «губица»). Географически носители фамилии Злуницины (и Злуницыны, вариант с буквой «ы» встречается в старых переписях) тяготеют к северо-востоку европейской части России — в документах XVIII–XIX веков они фиксируются в Вятской и Пермской губерниях. Это совпадает с ареалом бытования слова «злуница» в значении «змея».

Таким образом, предок современных Злунициных, скорее всего, получил прозвище Злуница — либо за крутой нрав, либо, что вероятнее по региональной привязке, как охранительное имя от змей. Фамилия сохранила редкую словообразовательную архаику и не имеет отношения к «злому» в прямом бытовом смысле.