Фамилия Злуницин образована от мирского имени Злуница. В старину злуницей называли лихорадку или любую болезнь, сопровождающуюся жаром. Имя выполняло охранительную функцию: родители нарекали ребёнка Злуницей в надежде, что зло отступится от него, — считалось, что злые духи не тронут того, кого уже назвали «нездоровым». По той же логике появлялись имена Некрас, Немил, Неустрой.

Фамилия построена по стандартной модели: к основе Злуниц- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Злуницы). Это типичный патроним, характерный для северных и центральных областей России, где широко бытовали нецерковные имена. Суффикс -ин, а не -ов, подсказывает, что исходное имя оканчивалось на -а или -я, что подтверждает форма Злуница.

Споров вокруг происхождения почти нет: значение нарицательного «злуница» хорошо прослеживается в диалектах. Альтернативная версия — связь с прилагательным «злой» — менее убедительна, поскольку в основе лежит конкретное название недуга, а не абстрактная характеристика.

О времени и месте возникновения фамилии можно судить лишь приблизительно. Процесс закрепления патронимов шёл с XV по XVII век, и Злуницины, скорее всего, появились в этот период в среде крестьян или посадских людей. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это указывает на простое сословное происхождение.

Сегодня фамилия редкая. Её носители встречаются в основном в европейской части России, что согласуется с ареалом бытования охранительных имён. Однокоренные варианты — Злунин, Злунов — тоже немногочисленны и указывают на ту же основу, но с разными суффиксами.