Фамилия Злыгарев — яркий пример того, как прозвище, данное за характер или поведение, закрепилось в роду и превратилось в фамилию. В её основе лежит диалектное слово «злыга» или «злыгость», которое в северных и сибирских говорах означало «злой, сварливый человек», «скряга» или «брюзга». Не путать с литературным «злыдень» — здесь корень другой, с оттенком не столько агрессии, сколько въедливости и скупости. Прозвище Злыгарь (или Злыга) давали человеку неуживчивому, постоянно недовольному, тому, кто «злыгается» — то есть ссорится и придирается по пустякам.

Суффикс -ев указывает на патронимическое происхождение: Злыгарев — буквально «сын Злыгаря». Типичная модель для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвище отца переходило к детям с прибавлением притяжательного суффикса. Интересно, что фамилия не получила распространения на юге или в центральной России — её очаги фиксируются в основном в Вологодской, Архангельской областях и на Урале. Это косвенно подтверждает северное происхождение диалектной основы: в южных говорах «злыга» не употреблялась.

С точки зрения словообразования, Злыгарев стоит в одном ряду с фамилиями Брюзгин, Ворчунов, Сварливых — все они образованы от прозвищ, описывающих не самый приятный характер. Но в отличие, скажем, от фамилии Злобин, где корень более общий, «злыга» конкретнее: она рисует не просто злого человека, а именно мелочного, придирчивого брюзгу. Крестьяне и посадские люди на Руси не стеснялись в прозвищах, и такие «характерные» фамилии нередко становились наследственными.

Встречаются варианты написания с одной «л» — Злыгарев, и с двумя — Злыггарев (редко, в старых документах). Ударение, как правило, падает на первый слог: Злы́гарев. Фамилия недворянская, не аристократическая — её носители в большинстве своём были крестьянами или мещанами, а прозвище, скорее всего, закрепилось за основателем рода в XV–XVII веках, когда на Русском Севере активно формировались фамилии без участия официальной администрации.