Фамилия Знахарев — одна из тех, что прямо указывает на занятие предка. В её основе лежит прозвище Знахарь, а оно, в свою очередь, восходит к нарицательному «знахарь». В народном сознании знахарство сближалось с ремеслом, поэтому прозвище относится к «профессиональным» именованиям: оно сообщает, чем конкретно промышлял человек.

Знахарями на Руси называли народных лекарей, которые лечили травами, заговорами и молитвами. В отличие от колдунов, знахарь обычно не считался «нечистым» — его знания воспринимались как дар или наследное умение. В крестьянской среде знахарь был фигурой уважаемой и необходимой: он принимал роды, правил вывихи, заговаривал зубную боль. Поэтому прозвище Знахарь могло закрепиться за человеком, который действительно лечил, а не за тем, кого подозревали в чём-то тёмном.

Словообразовательная модель проста: к основе «знахарь» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев. Фамилии на -ев обычно образовывались от основ на мягкий согласный или на -ь. Таким образом, Знахарев буквально значит «сын знахаря» или «из семьи знахаря».

Интересно, что фамилия Знахарев встречается в основном в южнорусских и центральных областях — там, где знахарская традиция была особенно сильна. В северных говорах знахаря чаще называли «шептуном» или «ведуном», поэтому фамилия Шептунов там распространённее, а Знахарев — реже.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия приводится в ряду «профессиональных» именований наряду с Лекаревым, Докторовым, Врачевым. Но если Лекарев и Докторов — книжные, «учёные» варианты, то Знахарев — исконно народный, деревенский. Он не столько про диплом, сколько про опыт и молву.

Потомок человека с прозвищем Знахарь со временем получил фамилию Знахарев. Сегодня она не говорит о роде занятий её носителя, но хранит память о предке, к которому, возможно, ходили за помощью за три версты.