Фамилия Знуденко — характерный пример украинской модели фамилий с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках закрепился на землях современной Центральной и Восточной Украины. Этот суффикс изначально указывал на сына или потомка человека, названного в основе: Знуденко — «сын Знуды» или «потомок Знуды». Сама основа — прозвище Знуда, которое в украинских и южнорусских говорах означало надоедливого, приставучего, нудного человека. Слово «знуда» (или «знудний») родственно русскому «нудный» и имеет ту же праславянскую основу, что и «нудить» — принуждать, утомлять.

В отличие от более распространённых фамилий на -енко (Шевченко, Бондаренко), Знуденко встречается редко и не имеет массового расселения. По данным современных баз, носители сосредоточены в основном в восточных областях Украины — Харьковской, Днепропетровской, Запорожской, а также в прилегающих регионах России, куда фамилия попала с переселенцами в XVIII–XIX веках. Это указывает на происхождение из казацкой или крестьянской среды, где прозвища давались по характеру, а не по роду занятий.

Интересная деталь: суффикс -енко в украинской ономастике часто сохранял ударение на предпоследнем слоге, и в фамилии Знуденко оно падает на первый слог корня — Зну́денко, а не Знуде́нко. Такое ударение — один из маркеров, отличающих исконно украинские фамилии от тех, что позже русифицировались. Если бы фамилия возникла в великорусских землях, она скорее получила бы суффикс -ов или -ин: Знудов, Знудин.

Спорных версий у этой фамилии немного. Иногда её ошибочно сближают с «зной» или «знобить», но фонетически и семантически это маловероятно: корень «знуд-» устойчиво прослеживается в диалектах именно со значением «нудный, докучливый». В словаре украинских прозвищ зафиксировано слово «знуда» как обозначение человека, который «нудить» — то есть пристаёт с однообразными просьбами или разговорами. Таким образом, предок Знуденко, скорее всего, получил прозвище за не самую лестную черту характера, но в фамилии это значение стёрлось и осталось лишь семейным именем.