Фамилия Зобунов — яркий пример того, как прозвище, данное по физической особенности, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит слово «зоб», которое в старину имело два основных значения. Первое и самое прямое — болезненное разрастание щитовидной железы, зоб. Второе, более широкое — любая выпуклость, мешок под горлом или на груди, даже складка одежды. Соответственно, Зобуном в народе могли прозвать человека с заметным зобом, а также того, кто имел привычку что-то прятать за пазуху, носить с собой объёмистый мешок или просто обладал плотной, «зобастой» фигурой.

Суффикс -ун- в основе «Зобун» указывает на деятеля или носителя признака. Такая модель (сравните: говорун, крикун, бегун) типична для русских прозвищ, подчёркивающих характерное качество или действие. Далее фамилия сформировалась по стандартной патронимической схеме: Зобун → Зобунов, то есть «сын Зобуна». Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, закрепившаяся в центральных и северных губерниях.

Примечательно, что фамилия Зобунов встречается в двух основных вариантах написания — через «о» и через «а» (Забунов). Второй вариант мог возникнуть из-за аканья — произносительной нормы, при которой безударная «о» звучит как «а». В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков можно найти оба написания, что нередко вводит в заблуждение при поиске предков. Искать корни фамилии стоит в регионах, где зобная болезнь была эндемична из-за недостатка йода в воде и почве — это прежде всего Верхнее Поволжье, Приуралье, некоторые районы Новгородской и Псковской земель. Именно там прозвище Зобун могло быть особенно распространённым и не несло для носителя резко отрицательного оттенка, а было скорее констатацией бытовой реалии.

Родственными по корню являются фамилии Зобов, Зобин, Зобков. Все они восходят к тому же слову «зоб», но различаются суффиксами. «Зобов» — самая прямая фамилия, «Зобин» — с суффиксом принадлежности, «Зобков» — уменьшительная форма. Зобунов стоит в этом ряду особняком, так как его основа — не просто «зоб», а активное прозвище, что делает фамилию более «живой» и личностной, словно за ней стоит не просто особенность, а характер носителя.