Фамилия Зубунов образована от прозвища Зубун. В основе лежит слово «зуб», но значение у прозвища могло быть разным. Самая прямая версия — внешняя: предка могли так назвать за крупные, редкие или, наоборот, отсутствующие зубы. Однако в народной речи «зубуном» нередко называли человека сварливого, колкого, «зубастого» на язык — то есть того, кто не давал себя в обиду и отличался неуживчивостью. Этот переносный смысл даже более распространён в русских прозвищах, чем чисто внешний признак.

В исторических документах встречается много однокоренных прозвищ. Степан Веселовский в своём ономастиконе упоминает Михила Ивановича Зуба Константинова (вторая половина XV века) и крестьянина Зубаку Фёдора Микулина (1564 год, Олонец). Видно, что корень «зуб» активно использовался для прозвищ в XV–XVI веках. Модель образования фамилии простая: к основе Зубун добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, означающий «сын Зубуна» или «из семьи Зубуна».

Фамилия Зубунов встречается нечасто, но имеет чёткую географию. Основной ареал — северные и центральные области России, в частности бывшие Олонецкая, Вологодская и Костромская губернии. Это совпадает с упоминаниями прозвища Зубака именно на Олонецкой земле. Среди дворянских родов Зубуновы не числятся — фамилия типично крестьянская или посадская, что подтверждает её происхождение от уличного прозвища, а не от имени по святцам.