Фамилия Зойиров — редкий пример, когда внешне славянский суффикс скрывает корни, уходящие в тюркские языки. Вопреки ожиданию, основа здесь не славянская, а восточная. Фамилия образована от мужского имени Зойир, которое в свою очередь восходит к арабскому Захир (ظاهر) — «явный», «очевидный», «сияющий». В тюркской среде, особенно у узбеков и таджиков, имя Зойир (варианты: Зоир, Захир) было распространено как в честь одного из сподвижников пророка Мухаммеда, так и просто как благозвучное имя с пожеланием ясности и открытости.

Типичный русский суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась по стандартной модели вхождения в российскую паспортную систему. Это происходило в XIX — начале XX века, когда представители народов Средней Азии, Кавказа и Поволжья получали фамилии по отцу с добавлением -ов или -ев. Дословно Зойиров — «сын Зойира». Примечательно, что в оригинале имя звучит с ударением на второй слог (Зо-и́р), но в русской передаче ударение часто смещается на окончание, как у большинства фамилий на -ов.

С географической точки зрения фамилия наиболее характерна для Узбекистана, Таджикистана и южных регионов Казахстана, где исторически сильна оседлая и городская культура. В России она встречается редко и почти всегда — у потомков переселенцев из этих республик. В отличие от фамилий на -ин или -ский, которые часто маркируют дворянское или церковное происхождение, Зойиров — фамилия «народная», указывающая на крестьянские, ремесленные или торговые корни в среде среднеазиатского оседлого населения. Никакого отношения к славянскому слову «зой» (шум, крик) она не имеет — это случайное внешнее созвучие.