Фамилия Зудакин вряд ли связана с глаголом «зудеть» в его прямом значении — чесаться. В основе лежит древнерусское прозвище Зудака, которое означало человека назойливого, приставучего, того, кто «зудит» — то есть постоянно докучает просьбами, нравоучениями или пустыми разговорами. В словаре Даля «зуда» — это «докучливый человек», а «зудака» — усилительная форма того же корня. Прозвище давали не столько за физическое качество, сколько за манеру поведения: надоедливый говорун, спорщик или попрошайка.

Словообразовательная модель простая и типичная для восточнославянских фамилий: прозвище Зудака + патронимический суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Зудакин, то есть сын Зудаки. Такая модель распространена в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге. Географически Зудакины, скорее всего, вышли из среды крестьян или посадских людей — прозвища с бытовой отрицательной окраской редко давали знати.

Интересно, что фамилия не имеет варианта Зудаков. В русской ономастике параллельные формы на -ов и -ин от одного корня возможны, но в случае с основой на -а суффикс -ин — единственно правильный по правилам русского языка (ср. Бородин, Репин), поэтому Зудаков — это либо искажение, либо фамилия из другого ареала, где прозвище звучало как Зудак.

Встречаемость фамилии невысокая. Основной массив носителей сосредоточен в Поволжье: в Нижегородской, Кировской областях и в Татарстане. Это косвенно подтверждает, что фамилия сформировалась в среде русского крестьянства, которое активно осваивало эти земли в XVII–XVIII веках. Дворянских родов Зудакиных не зафиксировано — фамилия осталась по-настоящему народной, без громких страниц в истории.